（１）严格控制瓶内臭氧残留

在进行臭氧杀菌的操作过程中，有一个比较重要的问题是酒瓶内臭氧的残留，因为若瓶内臭氧或臭氧水残留过多，则会使葡萄酒在灌装后短期内氧化，致使色素氧化、酒体颜色变深，产生不良风味。针对此情况，必须密切监视其杀菌效果和设备的运转情况，以免因臭氧浓度过高或设备出现故障（如瓶子经过臭氧浴杀菌后无菌淡水和压缩空气冲洗不到位）而导致瓶内有臭氧残留。

（２）二次污染

臭氧的杀菌作用也存在另一方面不利的因素。经过几个小时后水中的臭氧可全部变为氧气 （臭氧在水中正常情况下半衰期为２０ｍｉｎ，ｐＨ７.６下为４１ｍｉｎ，ｐＨ１０.４下仅为０.５ｍｉｎ），使水中含氧量升高而变成富氧水，最高含氧量可达１０～２０ｍｇ／Ｌ，含氧水比不经过臭氧处理的水更易于细菌的繁殖，因而对于经过臭氧处理的水来说，防止二次污染比不经过臭氧处理的水更重要。在生产中，要注意的是，绝对不能使臭氧杀菌后的瓶子里残留富氧水，否则一旦染上微生物，其后果更为严重。所以必须保证臭氧杀菌周围的环境卫生，同时，生产中一旦臭氧杀菌出现了一定时间的间断，必须彻底更换新水，重新操作，尤其在夏季气温较高的时候，更要严加防范此类现象发生，否则，灌装前对葡萄酒的一切除菌过滤操作和努力均将失去意义。

（３）卫生标准与健康保护

臭氧作为气体杀菌剂，依靠氧化性产生对细菌、霉菌等微生物和病毒的强杀灭作用。同任何消毒剂一样，臭氧也会对动物和人造成一定的生理反应甚至损害。虽然这种生理反应或损害可能是一时的、较轻微的，但也应该给予足够的重视，并加以纠正和规避。各国科学界对臭氧产生的生理损害作用进行了长期的深入研究，并据此制定了相应的卫生标准，以保证操作者及应用人员的健康。国际臭氧协会的规定为０.１ｍｇ／Ｌ下接触１０ｈ，美国规定在此浓度下接触８ｈ，德国、法国和日本则仅对臭氧浓度给予了规定，为０.１ｍｇ／Ｌ，我国对臭氧浓度规定略高于上述水平，为０.１５ｍｇ／Ｌ。